Území Kraje Vysočina je charakteristické maloplošným střídáním celků lesní a zemědělské krajiny. Rozsáhlejší lesní komplexy se nacházejí v pramenné oblasti hlavního evropského rozvodí ve Žďárských vrších nebo v okolí Javořice. Chráněné území definuje zákon o ochraně přírody a krajiny, kde se používá pojem zvláště chráněná území, která jsou vyhlašována v kategoriích: národní parky (na území Kraje Vysočina nenachází), chráněné krajinné oblasti, národní přírodní rezervace, přírodní rezervace, národní přírodní památky a přírodní památky. Pro chráněné krajinné oblasti se používá označení velkoplošná území, ostatní jsou zahrnována pod pojem území maloplošná, kterých je na území Kraje Vysočina přes 200. Zvláště chráněná území jsou v péči Kraje Vysočina nebo Správy chráněné krajinné oblasti.
Obr. – Chráněná území v Kraji Vysočina (zdroj: Geoportál Kraje Vysočina)
CHKO
Na území Kraje Vysočina se nachází 2 CHKO - Žďárské vrchy a Železné hory, které obě přesahují do sousedního Pardubického kraje.
Ostatní
Na území kraje se nachází 8 národních přírodních rezervací, 76 přírodních rezervací, 3 národní přírodní památky, 117 přírodních památek, 85 evropsky významných lokalit soustavy Natura 2000, 9 přírodních parků a 2 smluvně chráněná území.